微生物發酵是以一些對環境不利的副產物為原料，在發酵過程中產生大量有利于消化吸收的產物和菌體蛋白，減少糞便中有害物質的產生，改善動物生存環境，減少畜牧業對環境的污染。

用于發酵飼料的菌種本身就是從飼養的動物消化道中分離出來的有益菌，這些益生菌能保護和加強動物體菌群的正平衡。可進行發酵的菌種多種多樣，我國規定可以使用的就有15種，目前常用的有芽孢桿菌、乳酸菌和酵母菌。除上述菌種外，許多新的生產菌種正在開發中。乳酸菌主要抑制腸道有害菌生長，增強動物的免疫力；芽孢桿菌在發酵過程中可產生大量的B族維生素、蛋白酶等多種代謝產物，可提高飼料的利用率；酵母可利用廢渣等原料生產蛋白質飼料。

酵母菌在初期對乳酸菌也有一定的促進作用，后期有一定的拮抗作用。芽孢桿菌對乳酸菌有促進作用。在發酵飼料中前期添加少量的酵母菌、一定量的乳酸菌和芽孢桿菌，利用 3 種菌種的協同作用可以增加提高飼料利用率，提升飼料品質，從而改善水產及畜禽產品品質。在發酵前期，前期雖然芽孢和酵母菌對乳酸菌有促進作用，但是受環境的影響，前期乳酸的分泌較少，氧氣較多，環境對乳酸菌有種抑制的作用。到發酵后期，酵母菌對乳酸菌的抑制作用。

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