微生物發酵可以利用不同的原料生產，在發酵過程中產生大量有利于消化吸收的產物和菌體蛋白，減少糞便中有害物質的產生，改善動物生存環境，減少畜牧業對環境的污染。用于生產發酵飼料的原料種類非常多，除常規使用的飼料原料外，一些廢棄物也可應用在發酵飼料的生產中。

在養豬上的應用

微生物發酵飼料在養豬方面應用廣泛。飼喂微生物發酵料后，豬平均日增重提高，料重比降低，無抗豬飼料經過微生物發酵后，可提高豬對粗脂肪消化率，并在一定程度上提高生長肥育豬的生產性能。發酵飼料有提高育肥豬生長性能的趨勢，對胴體品質沒有不良影響，綜合多項指標表明發酵飼料對豬的肉質、風味及營養特性有較好的影響。

在反芻動物上的應用

發酵飼料除了在豬生產方面應用較多外，也廣泛應用于反芻動物生產中。利用微生物發酵食品下腳料，添加到肉牛飼料中飼喂生長育肥牛，可提高總蛋白、白蛋白、IgA、IgG、IgM的含量，降低谷草轉氨酶和谷丙轉氨酶活性，提高機體的總抗氧化能力，表明微生物發酵飼料能夠提高動物機體的免疫力，因此，微生物發酵飼料是肉牛生產中無公害綠色飼料。

在家禽養殖上的應用

微生物發酵飼料可以明顯提高乳酸桿菌菌群數量從而改善蛋雞的腸道微生態平衡，降低氮磷排泄率，有效減少糞便氮磷的排出，減少有害物質的產生，改善環境衛生。用發酵飼料對肉鴨，發酵飼料具有較高的轉化利用率，可提高肉鴨的生產性能，同時，發酵飼料中的有益菌能夠調節肉鴨體內的微生態平衡，增強肉鴨的抗病能力。

水產養殖

微生物發酵飼料與傳統飼料相比具有獨特的優越性，不僅符合當前健康環保型漁業發展的要求，而且在水產養殖中也取得了矚目的成績。

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